Actualmente la Biblioteca Nacional Ernesto J. Castillero R., se encuentra organizada en cuatro salas principales. Estas son:

Sala Extranjera:
Está ubicada en el primer piso. Posee un conjunto bibliográfico integrado fundamentalmente por obras en formato de libros y folletos relativos al pensamiento científico, social, humanístico y artístico universal. Incluye publicaciones sobre temas intelectuales, de opinión y de carácter investigativo en las humanidades y ciencias sociales, haciendo énfasis en la documentación lationamericana.

En esta sala Usted puede acceder a los siguientes servicios:

• Consulta y préstamo de libros de autores extranjeros.
• Uso de la sala de lectura para estudio o investigación.
• Consulta al Catálogo al Público.
• Exposición de obras de arte pictórico latinoamericano que decora las parededes de la Biblioteca y que pertenecen a la colección privada de Marcelo Narbona, un arquitecto Panameño.

Sala Panameña :
En el segundo piso, que sirve de entrada principal a la Biblioteca, se encuentra la Sala Panameña.

Posee una Colección de obras monográficas (libros, folletos, etc.) escritas por autores panameños o documentos sobre Panamá escritos por autores nacionales o extranjeros, sean estos editados en territorio nacional o fuera del país.

En la entrada de este piso podrá encontrar el casillero donde debe guardar las mochilas, maletines u otros objetos grandes y el área de afiliación, donde se elabora el carné de usuario.

En esta sala puede acceder a los siguientes servicios:

• Consulta y préstamo de libros.
• Consulta al Catálogo al Público.
• Fotocopias de documentos a un costo de 10 centavos por página.
• Acceso al rincón audiovisual, con una pequeña colección de videos y audiolibros con temás nacionales y foráneos.
• Confección de Carné de Usuario.
• Acceso al Fondo Antiguo de la Biblioteca Nacional (Solo Investigadores)

Sala de Referencia:
El servicio de referencia está ubicado en el tercer piso de la Biblioteca. Está orientado a resolver las necesidades de información de los usuarios. Para ello se dispone de una amplia colección de bibliografías, enciclopedias, diccionarios, almanaques, anuarios, directorios, catálogos, índices, atlas, cronologías, repertorios, y otras obras de referencia.

Cuenta con estantería abierta, de manera que el usuario pueda consultar los 4996 libros directamente en formato impreso o electrónico.

En el área de referencia se puede acceder a una variedad de servicios como:

• Orientación al Catálogo: El bibliotecario entrena al usuario en el uso del catálogo y lo conduce para que sus búsquedas tengan éxito.
• Obras en CD-ROM (Enciclopedias, Atlas, etc.).
• Archivo Vertical: Recopila información general de valor actual.
• Fotocopia de documentos.
• Internet.
• Sala de Uso Múltiple, para actividades varias como: conferencias, presentaciones de libros, seminarios, talleres, etc.
• Exposición de libros nuevos.
• Visitas Guiadas.

Hemeroteca:
Está ubicada en el cuarto piso. Mantiene una colección exhaustiva de los periódicos nacionales, que datan del siglo XIX a la actualidad. Este material constituye el mayor tesoro bibliográfico de la Biblioteca Nacional y por su relevancia es el de mayor uso.

Además tiene una colección de revistas panameñas, posee las Gacetas Oficiales en CD-ROM desde 1903 hasta el 2001, el conjunto de memorias de entidades gubernamentales representativas de la historia de la gestión pública en Panamá.

Otra área de la Hemeroteca está constituida por revistas de organismos internacionales y revistas que distintos países amigos donan al fondo de la Biblioteca Nacional.

En la Hemeroteca destaca la colección de 4843 volúmenes del Periodico Star and Herald, que incluye fascículos a partir de 1849 y que son propiedad de la emprsa que en el pasado editó este diario.

Entre los periódicos más antiguos que se encuentran en las colecciones de la Hemeroteca destacan The Sun de 1785-1874, y el Star Herald de 1849.